Mendelova univerzita v Brně v rámci své samosprávy upravuje své vnitřní záležitosti zejména prostřednictvím vnitřních a dalších předpisů.
Tyto předpisy nemají obecnou platnost, tedy působí pouze vůči osobám, které mají k univerzitě právní vztah, zejména vůči členům akademické obce a zaměstnancům, ale i uchazečům o studium.
Univerzita musí podle ustanovení § 17 odst. 1 zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách, a o změně a doplnění dalších zákonů (zákon o vysokých školách), ve znění pozdějších předpisů, mít následující vnitřní předpisy:
a) statut,
b) volební řád akademického senátu,
c) jednací řád akademického senátu,
d) vnitřní mzdový předpis,
e) jednací řád vědecké rady,
f) řád výběrového řízení pro obsazování míst akademických pracovníků,
g) studijní a zkušební řád,
h) stipendijní řád,
i) disciplinární řád pro studenty,
j) pravidla systému zajišťování kvality vzdělávací, tvůrčí a s nimi souvisejících činností a vnitřního hodnocení kvality vzdělávací, tvůrčí a s nimi souvisejících činností veřejné vysoké školy.
Univerzita může mít i další vnitřní předpisy, pokud tak stanoví statut (čl. 27 statutu). Vnitřní předpisy podléhají kontrole a registraci ze strany Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (ustanovení § 36 zákona o vysokých školách). Vnitřní předpis nabývá platnosti registrací.
Další předpisy univerzity blíže upravují záležitosti týkající se zajišťování činností univerzity. Jsou jimi podle čl. 28 odst. 2 statutu:
a) směrnice rektora,
b) nařízení rektora,
c) opatření kvestora,
d) metodické pokyny rektora a kvestora.
Univerzita může vydat předpisy i na základě jiných právních předpisů, než je zákon o vysokých školách, např. podle ustanovení § 305 zákona č. 262/2006 Sb., zákoník práce, ve znění pozdějších předpisů, podle kterého může univerzita vnitřním předpisem stanovit práva zaměstnancům, nebo ustanovení § 306 zákoníku práce, který upravuje vydání a změnu pracovního řádu.